自分もSEBA Highを履いていますが、登山靴用の丸紐をインナー側にだけ通しています。アウター側には靴ひもは通していません。理由は着脱がラクだからです。また使用後はインナーを取り出して陰干しするのですが、デフォルトの平紐のようにアウターとインナー同一の紐にしてしまうと、いちいち抜かなくてはいけないので面倒です。
好みもあると思いますが、自分はそのようにして使用しています。
ご参考ください。